O artigo apresenta as bases conceituais da atuação recente (2003-2007) da Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos do Ministério da Saúde. Começa discutindo o panorama da pesquisa em saúde no mundo e no Brasil e segue dialogando com a perspectiva de que o Ministério da Saúde deve tornar-se um ator relevante na definição e implementação da política de pesquisa em saúde no país, bem como nas ações de fomento. Finalmente,apresenta os principais desafios que se colocam para o ministério nos anos vindouros.
Palavras-chave: Ministério da Saúde, pesquisa em saúde, ciência e tecnologia, Brasil.